Мемориальный музей «Следственная тюрьма НКВД» — первый музей в стране, посвященный истории советских массовых репрессий. Музей расположен в подвальном помещении здания, в котором в 1923—1944 гг. находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД.

В 2022 году в музее была проведена масштабная реконструкция, в результате которой его площадь увеличилась втрое: с 143,4 м² до 426,5 м². После модернизации музей получил не только новую постоянную экспозицию, но и дополнительные площади для приема посетителей, в том числе людей с опытом инвалидности, выставочный зал и центр документации. Также были оборудованы новые рабочие места для научных сотрудников музея.

Открытие обновленного музея и постоянной экспозиции состоялось 8 ноября 2022 года.

Фонд Памяти продолжает поддержку музея — проводит мероприятия просветительской программы, работает над совершенствованием внешних коммуникаций, организует повышение квалификации.

В Томске на выездном заседании Межведомственной рабочей группы по координации деятельности, реализующей Концепцию госполитики по увековечению жертв политических репрессий, принято решение о расширении и модернизации Мемориального музея «Следственная тюрьма НКВД».

Фонд Памяти и Музей истории ГУЛАГа начали разработку концепции модернизации музея.

При поддержке Фонда Памяти к музею были присоединены дополнительные пространства. В результате площадь будущего музея увеличилась втрое — с 143,4 м² до 426,5 м².

Специалистами разработана проектная документация будущего музея, сценарий и эскизный проект будущей экспозиции. Документы отправлены на утверждение в Комитет по охране объектов культурного наследия Томска.

Концепция модернизации музея, разработанная Фондом Памяти и Музеем истории ГУЛАГа совместно со специалистами Томского областного краеведческого музея, была представлена широкой общественности в мае 2021 года.

1 июня 2021 года научно-проектная документация согласована Комитетом по охране объектов культурного наследия Томска.

В ноябре 2021 года получено разрешение на проведение работ по сохранению объекта культурного наследия и начаты демонтажные работы.

В январе 2022 года музей был временно закрыт для посетителей.

В течение нескольких месяцев музее были воссозданы объемы девяти тюремных камер. Одна из камер была музеефицирована в первоначальном виде, а в остальных размещены тематические залы, рассказывающие об истории массовых репрессий в СССР.

Экспозиция вписана в тесные камеры с помощью современных средств репрезентации (аудиогид, системы направленного звука, элементы цифрового и аналогового интерактива, технологии виртуальной реальности). В толщу возведенных межкамерных перегородок инсталлированы витрины для показа подлинных экспонатов и мониторы для демонстрации мультимедиа-контента.

С особым вниманием авторы экспозиции отнеслись к наследию репрессий на территории современной Томской области. Посетителей ждёт рассказ об истории Чаинского восстания, Назинской трагедии, массовых арестах в селе Белосток, расстрельных полигонах близ горы Каштак и в Колпашево.

Открытие обновленного музея и постоянной экспозиции состоялось 8 ноября 2022 года с участием советника Президента РФ, председателя Совета при Президенте РФ по развитию гражданского общества и правам человека Валерия Фадеева. Первыми гостями обновленного музея стали представители томской общественности и участники Ассоциации российских музеев памяти.

К открытию обновленного Мемориального музея «Следственная тюрьма НКВД» приурочена масштабная просветительская программа — мастер-классы, кинопоказы и лекции, организованные Фондом Памяти и Музеем истории ГУЛАГа.