В период со 2 сентября 1937 года по 24 ноября 1941 года на территории Спецобъекта НКВД СССР «Коммунарка» были захоронены 6609 человек.
Эти данные основаны на биографических сведениях из следственных дел расстрелянных граждан, собранные в московских архивах Общественной группой по увековечению памяти жертв политических репрессий под руководством Михаила Миндлина и материалы, предоставленные Центральным архивом ФСБ РФ, Управлением ФСБ по Москве и Московской области, Государственным архивом Российской Федерации.
Краткие биографические справки на 4527 человек были представлены в одной из
Книг памяти жертв политических репрессий, опубликованной исследователями в 2000 году.
С 2018 года Фонд Памяти и Центр документации Музея истории ГУЛАГа продолжили исследования биографий и архивно-следственных дел жертв политических репрессий, расстрелянных и предположительно захороненных на территории «Коммунарки». Результатом работы стала открытая база данных с краткими биографиями по персоналиям.
В этой базе данных содержатся имена наркомов CCCP и союзных республик, военачальников, командующих флотами, руководителей разведки, дипломатов, секретарей обкомов и начальников управлений НКВД, директоров заводов и трестов, главных редакторов газет и руководителей научных институтов. Участь высокопоставленных лиц часто разделяли их жены, дети и родственники.
Систематические захоронения расстрелянных производились до середины октября 1938 года. В 1939 году захоронения в «Коммунарке» были единичными, данных о захоронениях в 1940 году не имеется. Вскоре после начала войны, за три дня — 27, 28 и 30 июля 1941 года были расстреляны 513 человек.
В настоящее время работа с базой данных продолжается. Биографии людей категоризируются по разным параметрам — данным о человеке (возраст, национальность, место рождения, профессиональная принадлежность) и информации о репрессии (дата расстрела, статья обвинения). Такая работа с big data позволяет выявить отдельные групповые дела и более общие закономерности, например, репрессии в отдельных учреждениях, против представителей одной национальности.